La Terre n'a jamais semblé aussi prospère que depuis que « Cobra Industrie » a étendu ses services sur tous les continents du Globe. Grand leader dans de nombreux domaines tels que la communication, l'armement militaire ou encore le pharmaceutique, Cobra promet un monde meilleur à ses clients, à l'humanité toute entière, et appelle ce projet « Utopia ». Comme preuve de ce qu'il avance et de l'utilité d'Utopia, le groupe a reconstitué, grâce à des techniques biotechnologiques avancées, un oasis géant au milieu du Sahara. Là où il n'y avait que le soleil, le sable et la mort se déploie à présent de l'eau, des plantes et des habitations. Afin de pouvoir étendre son projet partout dans le monde, Cobra a besoin de financements et de main d’œuvre ; et pour cela, rien de plus simple ; « Achetez des produits COBRA, peu chers et efficaces ! Entrez dans la grande famille COBRA ; travaillez pour eux ! Enrôlez-vous pour COBRA ; pour un monde meilleur ! ». De plus, Cobra est également présent sur le plan politique ; reconnu et apprécié mondialement, le président des États Unis d'Amérique s'en est fait un allié de poids.

Oh oui, en ce moment, tout va bien pour Cobra. Très populaire et présent partout dans le monde, personne ne s'en plaint, au contraire. Personne ? En voilà un bien beau mensonge. A vrai dire, l'Amérique n'est plus la même depuis que Cobra travaille avec le gouvernement. Et s'il y a bien quelqu'un que l'organisation ne pourra pas tromper, ce sont les G.I. Joe ! En effet, cette équipe d'élite ''qui n'existe pas'' est l'ennemi de Cobra depuis toujours ; ce dernier cachant sous son aspect extérieur brillant une grande variété d'activités criminelles secrètes, tel que des expériences scientifiques illégales, du trafic d'armes, des plans à long terme pour développer une armée de créatures connue sous le nom ''Bio -Vipers'' ou encore la domination du monde (rien que ça). La division de choc de l'armée Américaine, autrement appelé les ''Héros sans Frontière'', est sur le coup ; « Là où tous les autres échouent, les G.I. Joe, eux, réussissent ! »

Slogan d'ailleurs bien désapprouvé par le SHIELD, qui n'est lui-même pas dupe. L'agence d'espionnage surveille également Cobra de près et, si elle a bien remarqué que tout ne tournait pas rond, elle n'a pour le moment aucune preuve pour l'accuser. C'est d'ailleurs là que diffèrent les méthodes du SHIELD et des Joes, créant une certaine tension entre eux ; là où les premiers favorisent l'infiltration discrète afin de trouver des preuves et composer un bon dossier, les deuxièmes préfèrent l'intervention direct, n'ayant plus besoin de preuves depuis bien longtemps pour se lancer à l'assaut des industries Cobra. Mais le SHIELD n'a pas que ça à faire ; il y a d'autre problème à régler et, en plus, d'autres méchants à arrêter sans qu'on ait besoin de se demander si, oui ou non, on peut le faire.

Si, durant ces deux dernières années, les super-héros n'avaient pas grand-chose à faire, ils reprennent de plus en plus du service. Disparition de personnes, réveil soudain des super-vilains qui semblaient s'être endormie jusque-là... Victor Von Fatalis, roi de Latvérie, refais son apparition sur la scène politique après deux ans sans apparition ; il semble être repentit, plus agréable et... Allié à Cobra. En effet, si en apparence Victor est le plus proche collaborateur de Cobra qu'il finance, leur alliance ne s'arrête pas au projet Utopia. Dans le plus grand des secrets, et poursuivant un but commun (à savoir la domination du monde), ils tentent de créer une armée surpuissante alliant la biotechnologie de Cobra et la technologie de pointe de Fatalis. Un mélange des Bio-Vipers et des Fatalibot, en ne gardant que le meilleur des deux, si vous préférez. Cela va sans dire que leur alliance n'est pas franchement basée sur la confiance et, qu'entre autre coup-bas, ils se surveillent mutuellement afin que l'un ne prenne pas le dessus sur l'autre. Autant dire que chacun reste méfiant !

De son côté, la Confrérie hurle de colère, et leur haine pour les hommes lambda s'accroit à mesure que les disparitions touchent les Homos Superior ; la méfiance des Humains pour leur confrères mutants s’amplifie, alors que les X-men et leurs élèves tentent tant bien que mal de maintenir l'entente fragile qui s'était établie entre les mutants et les Hommes...